1935年を劃期として進展した日伯貿易の拡大について、機構を強化する必要に迫られ商業会議所の設立準備に着手し、1940年5月29日附官報でその設立が公表された。

1950年代末には日伯合同大型プロジェクトのウジミナス製鉄所建設と造船の石川島播磨を初め、この時期は日伯大型プロジェクトがブラジルで開始され毎年５～６つのペースで大工場が国内に建設され、1960年代からは日伯貿易が拡大して経済ミッション交流が盛んになり、1954年には「ブラジル日本商工会議所」と正式名称となった。り、1964年には日本からの海外渡航が自由化され、第一次石油ショックまで日本企業のブラジル進出ブームが継続した。

1964年のカステロ・ブランコ革命政権誕生で、国家大プロジェクトとインフラストラクチャーの拡大が経済成長を加速、１９６８年～１９７５年の間には200以上の日本進出企業が中央銀行に登録された。この日伯関係が良好な1967年にブラジルと日本の間で二重課税防止協定、1971年には「技術共同協定」が交わされた。

1970年半ばからおよそ１０年間は　国家の財政危機、民主主義への変換期、再度の石油ショック危機、慢性インフレや輸入制限など日本進出企業を初めとして海外からの投資が大幅に減少、多くの日本企業は撤退を余儀なくされたが、日本はウジミナスを初め、紙・パルプ製造のセニブラ（1974）、アルミ精錬のアルブラス（1977）、CST製鉄（1976）、カラジャス鉄鉱山開発（1982）、半乾燥地域セラードの農業開発プロジェクト（1978）などで多大な貢献をした。

21世紀に入り、日本企業ブラジル進出第３次ブーム予想日本はブラジルとの貿易や文化面交流に期待しており、80年代から90年代にかけて停滞していたが、2004年９月の小泉純一郎首相のブラジル訪問、2005年５月のルーラ大統領の日本訪問をきっかけに大きな潜在ポテンシャルのブラジル進出ブームの再活性化のうねりが感じられるようになってきた。

 2007年は公的な団体としての役割を果たす事を今年度の基本方針に盛込み両国政府への要請や意見交換を目的にＧＩＥ、ＡＰＥＸ、ＣＮＩほか他の企業団体や大使館、総領事館などと連携・関係強化、３０数年振りの事務局全面改装工事、サイトの内容の充実化とレイアウトを変更、アクセスの容易化を図った結果、アクセス数が飛躍的に増加、会議所パンフレットを全世界の日本商工会議所へ送付、進出企業の会員数が増えて、2004 年のボトム141 社が2007 年12 月現在153 社、2002 年のレベルになる。

2008年はブラジル日本移民１００周年記念で、両国の政府要人や経済関連交流が新しい局面に突入

2010年5月29日、ブラジル日本商工会議所は創立70周年を迎え、海外でより長い歴史を持つ組織としての地位を確立した。